Els objectius principals de La Fundació son:
1. La promoció del coneixement, la difusió i la interpretació de la música del mestre Joan Guinjoan, per mantenir viu el record de la seva obra entre les noves generacions.
2. La divulgació i promoció de la creació musical dels compositors actuals.
3. La formació pedagògica de noves generacions de músics i compositors.